高丘神社は，旧直入郡久住町大字有氏の石原地区に鎮座する。旧久住町役場の北，約4キロメートル，久住山や大船山の山頂までは，5〜6キロメートルである。
県道669号（阿蘇くじゅう公園線）の拡張工事にともなって社地が整備されたと思われ，それまで社叢を形成していたであろう巨木の伐採跡が残っている。
鳥居は平成十七年（2005）の建造である。
正中元年（1324）の創立と伝える。祭神は綏靖天皇で，初め「十二所大明神」として久住山で祀ったという。
文明二年（1470）天台宗の寺院として養順法師が歓喜院を開かれ，これ以後，現在の法華院温泉から久住山頂にかけて神仏習合の寺社が建てられ，道場として栄えた。
明治以後は廃仏毀釈によって衰微し，十二所大明神が現在地（石原）に遷され「高丘神社」と改称した。
主祭神のほか，明治以後の合併によって大己貴命，速玉男命，市杵島命，菅原神，大年神，天児屋根命，大山祇命，高龗神も祀られている。
