水嶋磯部神社は，旧中頸城郡清里村の南東部，梨平地区に鎮座する。
「神社明細帳」（明治十六年）に「中頚城郡梨平村字磯部山 村社・水嶋磯部神社」とある。
創立は白鳳二年と伝える。（「白鳳」は『日本書紀』には見えない年号で，天武天皇あるいは天智天皇のころに使用されたともされ，寺社の縁起にはよく用いられている。）
いずれにしても古社である当社は，「延喜式』所載の「水嶋礒部神社」（頸城郡十三座の一）の候補の一つである。（糸魚川市筒石の水嶋礒部神社も論社である。）
祭神は，譽田別尊で，武甕槌命，經津主命を配祀している。
明治五年（1872）に村社に列せられた。
なお，当社の南西2キロメートルの坊ケ池のほとりに鎮座する青柳神社に合祀されている青柳社を式内「水嶋礒部神社」とする説もあったようである。 明治四十年（1907），字屋敷添の十二神社（天神五柱国津神七柱）と字中ノ俣の諏訪社（健御名方命）を合併した。
大正七年（1918），北野村の神明社（天照皇大神）と天神社（天穂日命），水草村の白山社（伊佐那美尊，菊理姫命）を合併した。
