滝谷神社は，JR（上越本線）塩沢駅の南南東7キロメートル，登川の左岸，旧南魚沼郡塩沢町の滝谷地区に鎮座する。
「神社明細帳」に「南魚沼郡滝谷村字滝ノ下 無格社・滝谷神社」とある。
もとは不動尊である。羽根川郷船坂村（現十日町市）より勧請し，現在地の背後の山頂にあったと伝える。
文政四年（1821），神祇管領の占部良長の許可により現社号を称した。
古くから安産の利益があり，文政四年の祭礼から「滝谷不動尊安産之祓」のお札が出されたという。
現在の主祭神は，天御中主尊，高皇産霊尊，国常立尊である。
社殿は元文元年（1736）の再建で，明治四十四年（1911）に大修繕がおこなわれた。
社殿内の額には「不動明王」と書かれている。
昭和四十九年（1974）に集落内から書画を募って天井が再造された。
