十二神社は，旧三島郡越路町の南西の端，旧刈羽郡小国町との境界に近い菅沼地区に鎮座する。
「神社明細帳」（明治十六年）に「刈羽郡千谷澤村字菅沼下居平 無格社 十二神社」とある。
菅沼地区の産土神であるが，勧請の時期は不明。「明細帳」には多くの祭神が記載されているが，誤記と思われる箇所も多く，朱筆による訂正もあり，錯綜している。
高靇神，闇靇神，大山祇命，中山祇命，闇罔象神，闇山祇神，麓山祇命，磐長媛命，正勝山祇命，木花開屋媛命，䨄山祇命，大市媛命である。
迦具土神の死体から生まれた神名が多い。
参道が土砂に覆われており，社殿には近づけなかった。