藤戸神社は式内社として有名な大形神社の東800メートルに鎮座する。一帯は砂丘の上に延びる古くからの住宅地で，周囲に寺も多い。
「神社明細帳」（明治十六年）に「中蒲原郡松崎村字居浦郷 村社・藤戸神社」とある。
松崎の産土神で，祭神は宇多天皇である。創立年月は不詳。
建仁元年（1201），鳥坂城（とっさかじょう）に籠った城資盛を討った佐々木盛綱が凱旋の帰路，この地に立ち寄り社殿を造営したのが起源だとする伝承がある。
「明細帳」は境内社として神明社（天照皇大神）と稲荷社（宇賀魂命）の二社を記録している。
今，境内社が見当たらないので本社に合併されたと思われる。ただし，拝殿の扁額には「稲荷神社・藤戸神社・西宮神社」とあり，「明細帳」の記録とは異なる。
しめ縄は，東新潟地区で時おり見かける「めがね様式」の変種であろうか（太郎代の白山媛神社，新発田市の古四王神社など）。
