菅原神社は，JR新潟駅の西約800メートルの場所に鎮座する。すぐ横は新幹線の高架である。
鳥居（昭和五十三年）には「北野社」，拝殿の額には「天満宮」と記されている。
「神社明細帳」（明治十六年）に「中蒲原郡天神尾新田字土居内 無格社・菅原神社」とある。
承応年間（165-54）に京都北野天満宮から分霊したとも伝える。天神尾新田の産土神で，祭神は菅原道真朝臣である。
正徳年間（1711-15）以後，川欠により社地が転々とし，寛政年間（1789-1800）に社地が定まった。
さらに昭和五十三年（1978）には上越新幹線の建設により社地を現在地に移した。
