三島神社は，JR山形駅の東北東2キロメートル，県立図書館の東に鎮座する。
当社の起源は，山形城主の最上義光が娘の菩提寺として天童市から移築した専称寺（真宗大谷派）の境内に祀られていた三嶋稲荷明神である。
維新後，神仏分離令によって明治四年（1871）に専称寺境内からこの地に遷座した。
明治九年（1876），初代の山形県令となった三島通庸（みしま みちつね）は，自分の姓と同じ社号の神社があることを奇縁とし，明治十二年（1879）に社殿の改築をおこなった。
また新たに静岡の三島大社から分霊を勧請して三島神社を創立し，従前の稲荷神社を境内社として三島神社の隣に祀った。
額は三島義温（通庸の孫の養子）の書のようである。
三島神社の隣に三嶋稲荷神社の社殿が建っている。
三嶋稲荷神社の本殿（左の奥）と三島神社の本殿が並んでいる。