余目八幡神社は，JR余目駅の北1キロメートルに鎮座する。
養老三年（719）に豊前国宇佐八幡を勧請して創立したと伝える。
奥州藤原氏の家臣・佐藤氏の氏神として祭られ，藤原氏滅亡後は源頼朝から「宝重山神護寺余目八幡宮」の称号を与えられた。
のち，館（当社から南西に約1キロメートル）に城を構えた安保氏が守護神として館に遷した。寛永十四年（1637）にはふたたび現在地に遷座した。
豪壮な社殿は文化十一年（1814）に出羽三山合祭殿（鶴岡市羽黒町）を模して建てられたものである。
出羽三山の社殿と同じく本殿と拝殿が一体となっており，一見すると拝殿だけが建っているように見える。
