「神田明神」と呼ばれる神田神社は，JR（中央本線）御茶ノ水駅の北東350メートルに鎮座する。
現在，東京中心部の108町の総氏神として崇敬を集めている。
天平二年（730）創建の古社である。かつては大手町（当社の南南西1.7キロメートルの将門塚付近）に鎮座した。
創建時の祭神は大己貴命（一の宮）である。芝崎村（大手町あたり）に入植した出雲系の氏族が祖神を祭祀したのである。
鎌倉時代の嘉元年間（1303-1305）に周囲で疫病があり，これが平将門の祟りとされた。真教上人（時宗の僧）が将門の霊を供養し，延慶二年（1309）に当社に合祀した。
江戸城の拡張にともない，元和二年（1616）に現在地（江戸城の表鬼門）に遷座した。ただし将門の首塚は旧地にそのまま残されて今に至っている（→将門塚）。
かつて「神田明神」と称されたが，明治四年（1871）に神田神社に改称した。
明治七年（1974）の明治天皇の行幸にあたり，「朝敵」の平将門が本社から分祀されて境内摂社（将門神社）に遷されたが，昭和五十九年（1984）に本社に戻された（三の宮）。
二の宮として祀られている少彦名命は，明治期に大洗磯前神社（茨城県大洗町）から勧請された祭神である。
